Тринити-колледж являлся самым большим и, пожалуй, наиболее живописным из всех колледжей Кембриджа. В XVII веке современник описывал его как «величественнейший и чиннейший колледж христианского мира». В его штате состояло около четырехсот преподавателей, в том числе – трое из пяти королевских профессоров

Университет располагался, можно сказать, в деревне, грязной и неухоженной. Он возник как один из плодов просветительской программы монастырских орденов, в глубоком Средневековье и еще не успел избавиться от его наследия. Первый из кембриджских колледжей, Питерхаус, в 1284 году основал Гуго де Балшем, епископ города Или; связь Кембриджа и церкви продолжалась и позже. В 1318 году папа Иоанн XXII официально признал Кембридж как studium generale.

И учебный план университета был по-прежнему погружен в Средневековье; при этом занятия посвящались главным образом работам Аристотеля. Ньютону предписывалось изучать Аристотелеву логику, Аристотелеву этику и устаревшую риторику, которая скорее сдерживала, чем поощряла изобретательность выражений. В Аристотелевой же философии Земля оставалось центром Вселенной.

Что касается первых университетских штудий собственно Ньютона, то о них известно мало. Он приобрел тетрадь, в которую выписывал по-гречески некоторые сентенции Аристотеля. Он читал обычные учебники, но из его заметок явствует, что ни один из них не дочитан до конца. Книги эти нагоняли на него скуку. Как-то раз он занес на бумагу весьма характерную латинскую фразу, в переводе она звучит так: «Платон и Аристотель мне друзья, но истина дороже». Именно поиск этой «истины» и стал с тех пор целью его жизни.

Из-за того что когда-то ему пришлось на время прервать обучение в Грантеме, он оказался несколько старше своих соучеников, но он в любом случае стоял бы особняком среди университетских студентов, большинство из которых отличались беспечностью и леностью.