Кругом творилась жестокость, но провидение ещё раз защитило Исаака.

Несколько овец да урожай яблок — вот и вся контрибуция с имения за гражданскую войну. Битвы миновали Манор, Исаак остался жить, хотя оставался ребёнком болезненным и тщедушным.

Судьба, однако, не оставляла попыток сломить его. Когда ему исполнилось два года, его покинула мать. И это событие, видимо, сыграло в жизни юного Исаака драматическую, а некоторые считают даже, что критическую роль.

Началось с того, что мать Ньютона — Анну Эйскоу-Ньютон тайно посетил псаломщик находившейся неподалёку церкви Северного Уитэма. Впоследствии выяснилось, что псаломщик приходил не зря — настоятель церкви преподобный Барнаба Смит решил, что пришло ему время жениться. Кое-кто из паствы горячо советовал ему вступить в брак; он отговаривался. Но когда названо было имя вдовы Исаака Ньютона Анны, преподобный, смутившись, возражал так: если его рука будет отвергнута, ему нельзя будет показаться в приходе. Вот тогда-то один из псаломщиков (за очень умеренную плату) согласился взять на себя деликатную миссию:

— Ради святого дела я готов заранее узнать мнение вдовы Анны!

Вдова не отказала, преподобный сделал предложение и получил официальное согласие. Была назначена свадьба.

Брак Анны Эйскоу мог бы показаться браком по расчёту. Да так оно, видимо, и было. Один из пунктов договора, который по настоянию вдовы был включён в брачное соглашение, гласил, что сын её Исаак при любых обстоятельствах будет иметь доход с принадлежащего ему Вулсторпа, а кроме того, будет получать определённую сумму и от господина Смита, который обязался выделить ему пастбища в Сьюстерне, приносящие 50 фунтов годового дохода. Господин Смит по брачному контракту обязывался также произвести полный ремонт Манор-хауса и расширить его. Свадьба Анны Эйскоу-Ньютон с её новым избранником состоялась 17 января 1645/6 года.